A globalização da economia e o avanço do pensamento neoliberal determinaram profundas transformações no setor agrícola e, por conseqüência, na economia sementeira. Fruto disso o mercado de sementes se moldou a um novo cenário onde se observavam grandes inversões de capital internacional, especialmente originário de conglomerados da área química. A semente passou a ser o elemento chave no controle da produção de alimentos e/ou na introdução de novas tecnologias a ela vinculadas.

Dentro desse cenário, nasceu, em 1997, o Programa Integrado de P&D, Produção e Marketing em Sementes - Pró-Sementes/RS, uma parceria entre organizações voltadas para o melhoramento genético vegetal - criadoras de novas cultivares - e aqueles que fazem a transferência dos avanços tecnológicos obtidos pela P&D - os produtores de sementes. Sua estratégia se fundamentou no suporte de P&D, na novidade, na diferenciação do produto e em ações de marketing.

Entretanto, em face de problemas de institucionalização daquele programa e da sinalização da Embrapa referente às parcerias, surge a Fundação Pró-Sementes de Apoio à Pesquisa.

Foi então, constituída em 23 de Agosto de 1999 por 39 produtores de sementes - todos do Rio Grande do Sul - e pela Associação dos Produtores e Comerciantes de Sementes e Mudas do Rio Grande do Sul - Apassul, representando os demais produtores do estado.

Diversos momentos e realizações marcam a história da instituição, um passo importante vem se destacando desde 2003 após a nova lei de sementes – Lei n. 10.711 – que incorporou em seu texto uma antiga aspiração do setor sementeiro nacional: a certificação de sementes através de organizações privadas.

Após a promulgação dessa lei, em dezembro de 2003 a Fundação Pró-Sementes manifestou ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento o interesse em se tornar uma Entidade Certificadora.Esse objetivo foi atingido em 2005 com a inscrição no RENASEM, sob o número RS 0241/2005.

Nesse contexto, ela tornou-se pioneira no Brasil como a primeira organização privada a ser credenciada no processo de certificação de sementes, garantindo ao produtor mais qualidade no produto e credibilidade no mercado.

Esse complemento nas atividades da Fundação Pró-Sementes permitiu a abertura de um novo escritório em Rondonópolis/MT, junto á Associação dos Produtores de Sementes do Mato Grosso.

Atualmente ela está cadastrada em território nacional, atuando nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo, Mato Grosso do Sul e Mato Grosso, certificando mais de vinte produtos entre soja, trigo, algodão, aveia, batata, feijão e triticale.

Após esses anos de atuação a Fundação Pró-Sementes vem desenvolvendo ações através das áreas de Certificação, Pesquisa & Desenvolvimento e Administração que com o apoio de grandes parcerias colaboram diretamente na sustentabilidade do agronegócio.